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Bioinformatics Researcher – Computational Immunology (m/f/d)

Universitätsklinikum Erlangen  •  Onsite  •  16 hours ago
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Job Description

Bioinformatics Researcher – Computational Immunology (m/f/d)

Medizin 3 38.5 Stunden auf 12 Monate befristet ab 01.09.2026 Eingruppierung gemäß TV-L Bewerbungsfrist 20.07.2026

Universitätsklinikum Erlangen
Department of Medicine 3
Prof. Dr. med. Andreas Ramming
Ulmenweg 18
91054 Erlangen

Contact person

Dr. Hashem Mohammadian
Postdoctoral Researcher
Telefon: 09131 85-39592

Veröffentlicht seit:

Job-Nr.: 13315

Hinweise für Bewerbende
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Klingt spannend? Das sind wir:

We are a computational systems immunology lab in the Department of Medicine 3 - Rheumatology and Immunology investigating autoimmune diseases, including inflammatory arthritis and fibrotic diseases, with a focus on immune-stromal interactions. We integrate insights across multi-omics to generate novel understanding of disease mechanisms, discover targets, and study drug responses in clinical and preclinical settings. Our laboratory has access to advanced single-cell and spatial profiling technologies, including single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics (Visium/MERSCOPE) and imaging mass cytometry (IMC), alongside established in vitro and in vivo model systems and close links to clinical research.
Check out our recent relevant publications:

Skin-derived myeloid precursors and joint-resident fibroblasts spread psoriatic disease from skin to joints
CD200+ fibroblasts form a pro-resolving mesenchymal network in arthritis
Matrix stiffness regulates profibrotic fibroblast differentiation and fibrotic niche activation in systemic sclerosis

We are looking for a motivated researcher (m/f/d) to join our team. The position is open both to candidates who wish to pursue a PhD alongside the role and to applicants who prefer to contribute as a researcher without enrolling in a doctoral program. In this role, you will contribute to ongoing and new computational projects, develop analysis workflows, and support data-driven discovery across our research program. Please add a cover letter stating your motivation and fit to the role, CV and transcripts to your application.

Tasks

  • Analyze high-dimensional multi-omics datasets (including single-cell and spatial data) using state-of-the-art computational methods.
  • Develop, implement, and maintain reproducible analysis pipelines (QC, integration, statistics, visualization, reporting).
  • Apply statistical and machine learning methods to generate robust biological insights.
    Curate and manage data and metadata to ensure reproducibility, traceability, and efficient downstream analysis.
  • Contribute to scientific outputs, including figures, methods, and text for manuscripts and presentations.

Qualification

  • Master's degree (or equivalent; completed by the start date) in a quantitative discipline such as Bioinformatics or Computational Biology, or in Biology / Immunology with solid quantitative experience
  • Basic understanding of immunology
  • Strong programming skills in R and Python
  • Practical experience with high-dimensional data analysis (omics preferred)
  • Solid understanding of statistics
  • Strong motivation and an independent mindset, with the ability to take ownership of projects and work productively
  • Excellent written and spoken English

Additional benefical

  • Hands-on experience with single-cell RNA-seq

We offer

  • Employment according to TV-L (depending on eligibility and final classification)
  • Contract initially for 1 year with possibility for extension after positive evaluation
  • Working hours: 65% to 100% (based on level of experience)
  • The opportunity to contribute substantially to publication-driven projects, with realistic chances for co-authorship on high-impact manuscripts depending on contribution and project needs
  • Direct exposure to translational immunology, working at the interface of experimental models and clinically relevant questions
  • Access to cutting-edge technologies and datasets, including scRNA-seq, spatial transcriptomics (MERSCOPE), IMC, and CyTOF
  • Support for presenting work at international conferences and engaging with an international scientific community
  • Access to a strong network of established collaborators and scientists across immunology and rheumatology
  • Optional structured PhD training (e.g. via life@FAU) for candidates who wish to pursue a doctorate alongside the role

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About Universitätsklinikum Erlangen

Patientenversorgung auf höchstem Niveau, ausgezeichnete Forschung und Lehre sowie modernste Medizin – das sind wir vom Uniklinikum Erlangen!

Mit unseren mehr als 9.800 hochqualifizierten Beschäftigten sind wir einer der größten Arbeitgeber Mittelfrankens und wachsen stetig weiter. Das UKER ist Teil des international führenden Medizin-Clusters Medical Valley EMN, das für Innovation und Fortschritt in der Medizin steht und Lösungen für die Herausforderungen der Gesundheitsversorgung der Zukunft generiert.

Unsere exzellenten Forschenden und engagierten Beschäftigten arbeiten in mehr als 190 Berufen erfolgreich zusammen und tragen alle dazu bei, dass wir unseren Patientinnen und Patienten einzigartige und zukunftsweisende Behandlungsmöglichkeiten ermöglichen. Wertschätzung bei der Arbeit und eine ausgewogene Balance zwischen Berufs- und Privatleben sind uns ebenso wichtig wie die Themen Gendergerechtigkeit, Diversität und Nachhaltigkeit.

Das UKER ist seit über 200 Jahren im Zentrum der Universitätsstadt Erlangen verwurzelt und befindet sich inmitten der Europäischen Metropolregion Nürnberg – einer der innovationsstärksten und familienfreundlichsten Regionen Europas. Wirtschaft, Infrastruktur, Kultur und Natur machen Erlangen zu einer lebenswerten Stadt. Hier lässt es sich gut leben und bestens arbeiten.

Wir bieten Ihnen eine Karriere mit besten Aussichten und verlässliche Sicherheit. Kommen Sie zu uns und machen Sie die Welt mit uns ein bisschen besser!

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Healthcare & Social Services
Company Size
1,001-5,000 employees
Headquarters
Erlangen, DE
Year Founded
1815
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